2. Kota Jember
Dulunya Kota Jember terpisah dari Kabuapten Jember Provinsi Jawa Timur.
Kota ini merupakan kota administratif yang tidak memiliki DPRD.
Nah tahun 1999 pemerintah tidak memberlakukan lagi kota administratif.
Semua kota adminitratif diberi dua pilihan, yakni menjadi kota madya atau bergabung kembali dengan kabupaten induk.
Tahun 2003, Kota Jember memutuskan bergabung dengan Kabupaten Jember.
3. Kabupaten Bobonaro
Kabupaten ini berbatasan langsung dengan Kabupaten Belu Provinsi Nusa Tenggara Timur.
Merdekanya Timor Leste menjadikan Kabupaten Bobonaro ikut lepas dan hilang dari Indonesia.
4. Kota Purwokerto
Dulunya Kota Purwokerto terpisah dengan Kabupaten Banyumas Provinsi Jawa Tengah.
Tahun 2003 memutuskan bergabung kembali seiring tidak diakuinya lagi kota administratif oleh pemerintah.
Tahun 2021 muncul wacana pemekaran terpisah dari Banyumas dengan menjadi Kabupaten Banyumas Barat.
5. Kabupaten Kova Lima
Kabupaten ini bergabung dengan Timor Leste yang memisahkan diri dari Indonesia sejak tahun 2002.
6. Kota Klaten