Untuk mewujudkan tujuan-tujuan tersebut, pada 16 Juli 1979, Yayasan IPEKA mulai menyelenggarakan Sekolah Kristen IPEKA untuk yang pertama kalinya.
Sekolah Kristen IPEKA mengusung misi untuk mendidik murid secara utuh sesuai dengan nilai-nilai Kristiani.
Dalam rangka meningkatkan mutu pendidikan, Sekolah Kristen IPEKA juga membangun kerja sama dengan institusi pendidikan berkualitas di luar negeri, termasuk asosiasi dan lembaga akreditasi seperti ACSI (Association of Christian Schools International) dan WASC (Western Association of Schools and Colleges)
. Saat ini Sekolah Kristen IPEKA telah memiliki 16 lokasi sekolah di Jatabek dan di luar pulau Jawa dengan lebih dari 11.900 murid dan 1.400 Guru maupun Staff.*