Tim asal Jerman itu mencatatkan 69 persen penguasaan bola serta melepaskan 25 tembakan dengan 13 di antaranya tepat sasaran.
Sebaliknya, Atalanta hanya mampu menciptakan tiga tembakan tepat sasaran sepanjang laga.
Dengan keunggulan agregat 6-1, Bayern berada di posisi sangat nyaman menjelang leg kedua di Allianz Arena.
Jika mampu mempertahankan keunggulan tersebut, Bayern kemungkinan akan menghadapi pemenang duel raksasa antara Real Madrid dan Manchester City di babak perempat final.
Sementara itu, Atalanta membutuhkan keajaiban besar yang hampir mustahil terjadi jika ingin membalikkan keadaan pada pertemuan berikutnya.