Namun, ada beberapa tantangan yang masih harus dihadapi, antara lain:
Moratorium Daerah Otonomi Baru (DOB) yang masih diberlakukan oleh pemerintah pusat.
Kesiapan Anggaran dan Sumber Daya Manusia untuk menjalankan pemerintahan kota baru.
Koordinasi dengan Pemerintah Kabupaten Nunukan dalam pembagian aset dan administrasi pemerintahan.
Dengan berbagai upaya yang terus dilakukan, diharapkan Kota Sebatik dapat segera memperoleh status daerah otonomi baru.
Jika disetujui, kota ini akan menjadi pusat pertumbuhan ekonomi dan pertahanan di perbatasan utara Indonesia.
Masyarakat Sebatik berharap pemerintah pusat segera memberikan lampu hijau untuk mewujudkan kota mandiri yang lebih maju, sejahtera, dan berdaya saing tinggi.